Խոշոր հողատիրության առաջացումը, սամուրայների ընդյանվող ռազմական արտոնությունները հասցրին նրան, որ երկիրը բաժանվեց մի քնաի տասնյակ ավատատիական իշխանությունների, որոնց տիրակալները այնքան ուժեղ էին, որ իրենց անվանում էին թագավորներ: Երկրի քաղաքական վերամիավորման գործը իր ձեռքը վերցրեց մանր ավատատե Օդա Նոբունագան: 1573 թ. նա տապալեց սյոգունին և երկրի կառավարումը վերցրեց իր ձեռքը: Բուդայականության հզորությունը և ազդեցությունը թուլացնելու նպատակով նա սկսեց հովանավորել քրիստոնյաներին: Այդ ժամանակ Ճապոնիայում կային 150 հազար քրիստոնյա, 200 վանք և 5 դպրոց: Սակայն նրա հաջորդները արգելեցին քրիստոնեության տարածումը: Օդայի հաջորդնեից Տոկուգավան 1603 թ. իրեն հռչակեց սյոգուն, և Ճապոնիայում հաստատվեց Տոկուգավայի սյոգունատը, որը կառավարեց մինչև 1867-68 թթ.:
Վախենալով, որ քրիստոնեության հետագա տարածումը կխախտի հասարակության ներքին միասնությունը և կրոնական բախուների տեղիք կտա, 1612 թ. քրիստոնեությունը օրենքից դուրս հայտարարվեց, և փակվեցին բոլոր վանքերը: Մահապատժի սպառնալիքի տակ ճապոնացիներին արգելվեց թողնել երկիրը: Միաժամանակ արգելվեց նաև օտարերկրրացիների մուտքը Ճապոնիա: Բացառություն արվեց միայն չինացիներին և հոլանդացինեին, սակայն պայմանով, որ նրանց նավերը կայանեն միայն Նագասակի նավահանգստում: Այսպես Ճապոնիան ինքնամեկուսացվեց արտաքին աշխարհից: